В переписке с техподдержкой Яндекса, получил такое письмо:
Здравствуйте! Приносим свои извинения за задержку с ответом. К сожалению, мы не можем прокомментировать, есть ли аффилиат у сайтов site1.ru и site2.ru или нет, так как мы не оперируем подобными терминами и не знаем, какое значение Вы в него вкладываете. Если же Вы видите, что данные сайты ранжируются некорректно, то приведите, пожалуйста, примеры проблемных запросов, и мы постараемся прокомментировать сложившуюся ситуацию более конкретно.
Хотя многие кто на форуме серча постоянно говорят и тыкают на какие-то мифические статьи, что термин "аффилиат" был придуман самим Яндексом.